Keberadaan masjid Raya Al-Mustaqim diawali dari surat yayasan Al-Mustaqim perihal permohonan penggunaan Tanah Masjid ke Perumnas cabang Malang pada tanggal 3 oktober 1999. Pada tahun 2009 mulailah dibangun masjid lebih besar seluas 625 m persegi.